Если двигатель не соответствует данной модели, то самое первое, это нужно пойти в ГИБДД и написать заявление на внесение изменений в конструкцию ТС. Сотрудники ГИБДД его рассматривают в течении 30 дней. За это время они должны дать ответ о необходимости (или наоборот о "ненадобности") получения заключения "о возможности и порядке внесения изменений в конструкцию". Если такой документ нужен, то получаете его в соответствующей организации, если нет - то нет. Затем делаете переоборудование и со всеми документами и с машиной идете обратно в ГИБДД, там проходите техосмотр и получаете свидетельство о соответствии конструкции ТС (ССКТС), на основании этого документа делается отметка в ПТС. Также от вас потребуют документ о законности приобретения двигателя (а вдруг он краденый) и декларацию, от сервиса (как вы говорите лицензированного).
Заключение "о возможности и порядке внесения изменений в конструкцию" потребуют, если модель нового двигателя отличается от старого, и не потребуют если модель двигателя такая-же.
И помните, есть еще один подводный камень : переоборудование невозможно, если понижается экологический класс .....

Помните, что это источник повышенной опасности и допуск его на дороги общего пользования допускается только при наличии всей необходимой документации. Изменение стандартных моделей не допускается.